Esse game retrata os acontecimentos com nosso herói Link após a luta com Ganondorf, bom apòs a luta zelda revela a link que ele devera retorna ao seu legitimo tempo mais antes dele ir ela, da a ele a ocarina of Time de Presente, mais ao Retorna ao seu tempo após 3 meses Link percebe que Navi sua Fada some, então ele disside ir atras dela nesse caminho ele e atacado pelo misterioso Skull Kid, que utilizava a Máscara de Majora e era acompanhado por suas fadas, Tael e Tatl. Skull Kid rouba a Ocarina do Tempo e a égua de Link, Epona. Link o persegue até o buraco de uma árvore e acaba atravessando uma passagem dimensional que o leva para um mundo paralelo chamado Termina.
Ao acordar ele encontra Skull Kid numa câmara e é transformado num Deku Scrub (um ser em forma de planta). Skull Kid e Tael fogem, deixando Tatl para trás. Desiludida e sentindo-se traída, a fada resolve se juntar a Link e ajudá-lo em sua jornada para recuperar sua forma original e seus pertences roubados.
Seguindo adiante, Link vai parar dentro da torre do relógio da cidade de Clock Town. Ele encontra um misterioso vendedor de máscaras que lhe pede ajuda para recuperar a Máscara de Majora. Caso a máscara não fosse recuperada, as consequências poderiam ser catastróficas. Link então descobre que com os poderes malígnos da máscara, Skull Kid fez sua maior travessura: tirou a lua de sua órbita original. Caso nada seja feito, a lua colidirá com a Terra e o mundo acaba em 72 horas.
Após recuperar sua Ocarina (e sua forma original), Link tem de viajar no tempo por esse período de 3 dias até conseguir habilidades suficientes para enfrentar Skull Kid e a poderosa Máscara de Majora. Para enfrentá-la, ele precisa libertar os quatro espíritos guardiões gigantes, para que possam impedir a queda da lua. Os guardiões estão aprisionados em 4 templos, ao longo das quatro direções de Termina: Norte, Sul, Leste e Oeste. Mais para frente, Link enfrenta os serviçais do demônio da máscara Majora, que estão guardando os espíritos dos 4 gigantes guardiões de Termina, que são eles: Odolwa, Goth, Gyorg e Twinmold.
No final Link desperta os gigantes com a canção OATH TO ORDER (recebida por Link para invocar eles quando todos fossem libertos), então eles aparecem evitando a queda da lua.
Link os havia chamado na torre de Clock Town, e todos esses acontecimentos acontecem lá, Link fica sabendo que Skull Kid estava sendo possuído pela máscara, logo após isso, a máscara foge para o interior da lua, com Link a seguindo.
Lá, Link se depara com um mundo ilusório parecendo muito um paraíso, lá ele encontra as máscaras de chefes derrotados, refletindo o seu dono (no caso o vendedor de máscaras).
Então, Link finalmente é desafiado por um desses espíritos detentor da máscara chefe. Link enfrenta o demônio Majora em suas formas: Majora's mask, Majora's incarnation e por fim sua forma final Majora's Wrath.
Derrotado Majora, ele novamente é preso na máscara e a lua volta a sua órbita original dando um novo dia de vida a Termina, com Link voltando a sua pacífica Hyrule. Sabe-se que Mikau, Darmani e o Deku reencarnam no final.
Espiritos das mascaras de Link:
Mikau: Essa mascara você conseque após ajudar Mikau um zoras que saiu em busca dos ovos de sua amada cujo o nome não me lembro agora, bom quando ele tenta pegar os ovos dos piratas ele e gravemente ferido e jogado ao mar mas link o encontra e ajuda mais ele esta quase morrendo então link toca song of healing que tem o poder de liberta a pessoa de maldições transformando em mascaras ou espiritos como e no caso de Darmani o grade guerreiro goron, bom mas voltando ao assunto após ter transformado Mikau em mascara link pega a mascara para ajudar em sua jornada dando a link o poder de virar um zora.
Darmani: E um espirito de um antigo guerreiro dos gorons de Termina, LInk o encontra após de receber as Lents of Tru um aparelho que ajuda a ver coisas escondidas, com isso Link ve o espirito de Darmani e o seque até seu tumulo lá ele pede que link o livre de um tomento então link o tranforma numasn mascara, Dando a link o poder de virar um goron para salvar os goros no templo de snow head.
Deku: E a forma transformada de Link, após de Skull Kid ter lançado uma maldição.
Skull Kid :
Link Com a Fiercy Deity (é necessário as 23 máscaras para tal coisa) tornando Link em um deus das trevas a serviço do bem, muito mais poderoso do que o próprio Majora e dos seus subordinados nos templos de Termina. Porém essa máscara só pode ser utilizada contra os chefes dos templos e contra o próprio Majora (se for observado bem esse deus é o Link adulto de Ocarina Of Time, com a mesma voz, só com algumas alterações no visual):
